今日習ったこと

IPCCレポートでおなじみ、カナダ環境省のカナダ気候モデル・分析センターのCanESM2の場合、１０００年間分のシミュレーションを行うのに１年間かかるらしい。

海洋モデルを均衡させるためには４０００年分のスピンアップが必要なので４年かかることになる…これにエラーとか加わったらまたやり直し？とか考えるだけで大変だな。。。

アラゴナイトはカルサイト（方解石）より海洋酸性化に敏感。

AMAP（気候変動と北極地域）のビデオはこちらから見れる→http://vimeo.com/amap

pHは地域により季節変動がさまざま。変動が大きいのは湧昇や河口の影響を受ける地域。珊瑚礁が多い地域は日変動が起きる。

モデル開発状況

今日したこと：

• モデル構図をLucidchartというgoogle driveで扱えるアプリをダウンロードして作成。なかなか使える。
• closure termをEdmonds & Yool (2002)を参考にして５種類作成。namelistから選択できるようにした。

まだ疑問にあること。その他すべきこと：

• nitrificationもいくつか試す必要あり。
• no3とsilicateのrestoringについて理解する必要あり。
• zo2→nh4について疑問。これはsloppy feedingなのか、それともexcretionなのか？もしexcretionだとしたらgrazingとは比例しないはずなんだが…。
• プランクトンからアンモニウムへの移動はexcretionとmortalityを両方含めたもの？

沈殿だん&見直し完了。

Ph2, Det, PSiの沈殿パラメタライゼーション完了。ネームリストもアップデートだん。

Steiner et al (2006)で変更された内容をSilicateの深層の値へRestoreする部分以外はimplementation済み。この部分は担当教官に聞く必要あり。NO3も同様。

Nitrificationも変更する必要あり。

変更したら速攻モデル式を論文のmethodsセクションに書くこと。

モデル開発プログレス

今日やったこと：

月曜日に北極海のsecondary productionに詳しい人とミーティングがあるためその準備を兼ねてuvic_ecoの見直し。

Monahan & Denman (2004)とSteiner et al. (2006)に記述されている式と自分のコードを比較して論文のほうに式の順番とか合わせることにした。

今晩のところはP1とP2まで見直し完了。そこでP2とD2の沈殿を書いていなかったことに気づいた。

明日やること：

沈殿(sinking)のコードを書く。

残りのコードの見比べを完了させる。

ncviewをMacにインストールした。

ncviewはnetCDFを扱う人にとってあるとすごく便利なもの。研究室のパソコンには搭載されているんだが自分のmacbookairには入ってない。

公式サイト（上記リンク）ではインストール方法はのってないのでZipファイルをダウンロードしてもどうすればいいのかさっぱり。

でも先日ダウンロードしたMacPortsを使ってコマンドひとつでインストールできた☆

方法は簡単。

MacPortsをインストールしていることを前提に以下のコマンドをターミナルで入力するだけ。

sudo port install ncview

sudoなのでパスワードを入力後、自動ダウンロード＆インストール完了。

初両替（￥→$）メモ

インナーハーバーのすぐそばにあるcalforexという両替所。

両替した日時：2014年2月8日午前10:52

両替したレート（円→カナダドル）：0.01051

XE.comによる同日時のレート：0.01078

手数料：$3.50

ビクトリア国際空港（ICE - International Currency Exchange）にもあるみたいだし他にも両替できるところGoogle Mapで探したらあったので次はもうちょっと調べてみることにする。

pythonでnetCDF4

macのターミナルでpythonコマンド以外を利用したい場合。。例えばpython2.7やpythonwなど。

そういうときはpythonスクリプトの最初の行に

#!/usr/bin/env python

のかわりに

#!/usr/bin/env python2.7

や

#!/usr/bin/env pythonw

と入力すればpython以外が扱われる（参照:http://stackoverflow.com/questions/18425379/mac-set-default-python-version-to-3-3）。

これはmac osxのpythonはpython2がデフォルトで搭載されているのでpython3を使いたい人にも便利だと思う。

自分はpython2.7にnetCDF4のモジュールが入っているのでpython2.7を使うことに。

pythonでnetCDFを扱うときは、ターミナルでpython起動後：

import netCDF4

と入力すれば使えるようになる。

その後…

いろいろ調べたり試行錯誤してみたがすんなりとnetcdfを使いこなせるようにならず…。

宿題の期限もあるので結局は慣れてるmatlabを使うことに…

でも、これから地道に勉強していこうと思う。

Pythonを始めた。

matlabは高価で高機能なためそのぶんパソコンのスペースもたくさんとられる。例えば自分のmacbookairに入っていたmatlab 2011はソフトウェアだけで>5GB。

ということでストレージスペースの少ないmacbookairには不向き。

FABMのデベロッパーたちはpythonを推しているらしいので自分もpythonへ移行することに。

以前ブログで話したがmacbookairのターミナル上でpythonを起動してimport PyQt4とするとHomeBrewやMacPortsで二度に渡りPyQt4とPySideをインストールしたにも関わらずエラー文が出てうまくいかなかったがこの原因がわかった。

自分のmacbookairには数種類のpythonがインストールされていた。ターミナルでpythonと売った後にtabを二度打つと：

$ python

python            python2.5-config  python2.7         pythonw2.5

python-config     python2.6         python2.7-config  pythonw2.6

python2.5         python2.6-config  pythonw           pythonw2.7

こんな感じで何種類ものpythonがインストールされてしまっているよう。

そしてもしかしたらPyQt4やPySideといったモジュールはディフォルトのpythonじゃなくて他のバージョンにインストールされているのではないかと考えそれぞれのpythonをターミナルで起動してhelp()→modulesの手順（参照:https://groups.google.com/d/msg/comp.lang.python/TQfB9720m5Q/KIUUrG9wFBsJ）で確認してみるとpython2.7にPyQt4が入っていることがわかった：

$ python2.7

Python 2.7.6 (default, Nov 18 2013, 15:12:51) 

[GCC 4.2.1 Compatible Apple LLVM 5.0 (clang-500.2.79)] on darwin

Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.

>>> help()

Welcome to Python 2.7!  This is the online help utility.

If this is your first time using Python, you should definitely check out

the tutorial on the Internet at http://docs.python.org/2.7/tutorial/.

Enter the name of any module, keyword, or topic to get help on writing

Python programs and using Python modules.  To quit this help utility and

return to the interpreter, just type "quit".

To get a list of available modules, keywords, or topics, type "modules",

"keywords", or "topics".  Each module also comes with a one-line summary

of what it does; to list the modules whose summaries contain a given word

such as "spam", type "modules spam".

help> modules

Please wait a moment while I gather a list of all available modules...

** (process:1406): WARNING **: Trying to register gtype 'GMountMountFlags' as enum when in fact it is of type 'GFlags'

** (process:1406): WARNING **: Trying to register gtype 'GDriveStartFlags' as enum when in fact it is of type 'GFlags'

** (process:1406): WARNING **: Trying to register gtype 'GSocketMsgFlags' as enum when in fact it is of type 'GFlags'

Audio_mac           _lsprof             ftplib              pyexpat

BaseHTTPServer      _markerlib          functools           pygtk

Bastion             _multibytecodec     future_builtins     quopri

CGIHTTPServer       _multiprocessing    gc                  random

Canvas              _osx_support        genericpath         re

Carbon              _pyio               gensuitemodule      readline

CodeWarrior         _random             gestalt             repr

ColorPicker         _scproxy            getopt              resource

ConfigParser        _socket             getpass             rexec

Cookie              _sqlite3            gettext             rfc822

Dialog              _sre                gio                 rlcompleter

DocXMLRPCServer     _ssl                glib                robotparser

EasyDialogs         _strptime           glob                runpy

Explorer            _struct             gobject             sched

FileDialog          _symtable           gps                 select

Finder              _sysconfigdata      grp                 sets

FixTk               _testcapi           gzip                setuptools

FrameWork           _threading_local    hashlib             sgmllib

HTMLParser          _warnings           heapq               sha

IN                  _weakref            hmac                shelve

MacOS               _weakrefset         hotshot             shlex

MimeWriter          abc                 htmlentitydefs      shutil

MiniAEFrame         aepack              htmllib             signal

Nav                 aetools             httplib             sip

Netscape            aetypes             ic                  sipconfig

OSATerminology      aifc                icglue              sipdistutils

PixMapWrapper       antigravity         icopen              site

PyQt4               anydbm              idlelib             smtpd

Queue               applesingle         ihooks              smtplib

ScrolledText        appletrawmain       imaplib             sndhdr

SimpleDialog        appletrunner        imghdr              socket

SimpleHTTPServer    argparse            imp                 sqlite3

SimpleXMLRPCServer  argvemulator        importlib           sre

SocketServer        array               imputil             sre_compile

StdSuites           ast                 inspect             sre_constants

StringIO            asynchat            io                  sre_parse

SystemEvents        asyncore            itertools           ssl

Terminal            atexit              json                stat

Tix                 audiodev            keyword             statvfs

Tkconstants         audioop             lib2to3             string

Tkdnd               autoGIL             libproxy            stringold

Tkinter             base64              libxml2             stringprep

UserDict            bdb                 libxml2mod          strop

UserList            bgenlocations       linecache           struct

UserString          binascii            locale              subprocess

_AE                 binhex              logging             sunau

_AH                 bisect              macerrors           sunaudio

_App                bsddb               macostools          symbol

_CF                 buildtools          macpath             symtable

_CG                 bundlebuilder       macresource         sys

_CarbonEvt          bz2                 macurl2path         sysconfig

_Cm                 cPickle             mailbox             syslog

_Ctl                cProfile            mailcap             tabnanny

_Dlg                cStringIO           markupbase          tarfile

_Drag               cairo               marshal             telnetlib

_Evt                calendar            math                tempfile

_File               cfmfile             md5                 terminalcommand

_Fm                 cgi                 mhlib               termios

_Folder             cgitb               mimetools           test

_Help               chunk               mimetypes           textwrap

_IBCarbon           cmath               mimify              this

_Icn                cmd                 mmap                thread

_LWPCookieJar       code                modulefinder        threading

_Launch             codecs              multifile           time

_List               codeop              multiprocessing     timeit

_Menu               collections         mutex               tkColorChooser

_Mlte               colorsys            netCDF4             tkCommonDialog

_MozillaCookieJar   commands            netCDF4_utils       tkFileDialog

_OSA                compileall          netcdftime          tkFont

_Qd                 compiler            netrc               tkMessageBox

_Qdoffs             contextlib          new                 tkSimpleDialog

_Qt                 cookielib           nis                 toaiff

_Res                copy                nntplib             token

_Scrap              copy_reg            nose                tokenize

_Snd                crypt               ntpath              trace

_TE                 csv                 nturl2path          traceback

_Win                ctypes              numbers             ttk

__builtin__         curses              numpy               tty

__future__          datetime            opcode              turtle

_abcoll             dbhash              operator            types

_ast                dbm                 optparse            unicodedata

_bisect             dbus                os                  unittest

_bsddb              dbus_bindings       os2emxpath          urllib

_builtinSuites      decimal             parser              urllib2

_codecs             difflib             pdb                 urlparse

_codecs_cn          dircache            pickle              user

_codecs_hk          dis                 pickletools         uu

_codecs_iso2022     distutils           pimp                uuid

_codecs_jp          doctest             pipes               videoreader

_codecs_kr          drv_libxml2         pkg_resources       warnings

_codecs_tw          dsextras            pkgutil             wave

_collections        dumbdbm             platform            weakref

_csv                dummy_thread        plistlib            webbrowser

_ctypes             dummy_threading     popen2              whichdb

_ctypes_test        easy_install        poplib              wsgiref

_curses             email               posix               xdrlib

_curses_panel       encodings           posixfile           xml

_dbus_bindings      errno               posixpath           xml2po

_dbus_glib_bindings exceptions          pprint              xmllib

_elementtree        fcntl               profile             xmlrpclib

_functools          filecmp             pstats              xxsubtype

_hashlib            fileinput           pty                 zipfile

_heapq              findertools         pwd                 zipimport

_hotshot            fnmatch             py_compile          zlib

_io                 formatter           pyclbr              

_json               fpformat            pydoc               

_locale             fractions           pydoc_data          

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for modules whose descriptions contain the word "spam".

よしこれでPyQt4そしてnetCDF4も使えるということがわかった。一件落着。