論文を探す

キャンパス内のネットワーク上でGoogle Scholarなどを使って論文を検索すると大学のアカウントを使ってログインが自動的に行われるため論文を入手することが容易にできます。

でもキャンパス外だと大学の個人情報（ネットリンクIDとパスワード）を入力しないと論文を手に入れることができません。

大学に最初来た時は大学図書館のサイトのホーム画面（http://www.uvic.ca/library/index.php）から検索していたんですがたまに欲しい論文が検索結果に出て来ない場合があります。

そこで図書館の人に訪ねてみると、こちらのデータベース（http://www.uvic.ca/library/find/databases/index.php）から検索するように言われやってみたら全ての論文がでてきました☆自分はGoogle Scholarを使うのでこちらのリンクから大学経由でGoogle Scholarを使うことができます。

UVic学生で論文検索をされる方、要ブックマーク→http://scholar.google.ca.ezproxy.library.uvic.ca/

Plotting for poster.

Figure used for poster

%This is for FABM model output (not GOTM)!

clear all;

filename='resolute.nc';
dep=100;
avgdep=30;
day1=366;
colid='bcgmrk';

figure;

subplot(4,1,1);
n1=squeeze(ncread(filename,'sst'));
n2=squeeze(ncread(filename,'ice_hi'))*100;
xlen=day1:length(n1);
x=linspace(datenum('01-01-1990'),datenum('01-01-1994'),length(xlen));
[ax,h1,h2]=plotyy(x,n1(xlen),x,n2(xlen));
set(h1,'linewidth',2,'color','r');
set(h2,'linewidth',2,'color','b');
set(ax(1),'YLim',[-2 4],'ycolor','r')
set(ax(1),'YTick',-2:1:4)
set(ax(2),'YLim',[0 60],'ycolor','b')
set(ax(2),'YTick',0:10:60)
set(get(ax(1),'Ylabel'),'string','^oC')
set(get(ax(2),'Ylabel'),'string','cm')
axes(ax(2));
title('(a)');
axes(ax(1));
hold on;
datetick('x','mmmyy');
axes(ax(2));
hold on;
datetick('x','mmmyy');
%set(ax(1),'xtick',day1:365:length(xlen),'xlim',[day1 length(xlen)]);set(ax(2),'xtick',day1:365:length(xlen),'xlim',[day1 length(xlen)]);
grid on;
%xlabel('Days since January 1, 1990');
%legend('SST','Ice Thickness');

subplot(4,1,2);
parname={'uvic_eco_ph1' 'uvic_eco_ph2' 'uvic_eco_zo1' 'uvic_eco_zo2'};
n=squeeze(ncread(filename,'uvic_eco_ph1'));
n1=squeeze(mean(n(end-avgdep-1:end,xlen),1))*14/8.75;
n=squeeze(ncread(filename,'uvic_eco_zo1'));
n2=squeeze(mean(n(end-avgdep-1:end,xlen),1))*106/16*12;
[ax,h1,h2]=plotyy(x,n1,x,n2);
set(ax(1),'ycolor','r');
set(ax(2),'ycolor','b');
set(get(ax(1),'Ylabel'),'string','mg-Chl-\alpha/m^3');
set(get(ax(2),'Ylabel'),'string','mg-C/m^3');
set(h1,'linewidth',2,'color','r');
set(h2,'linewidth',2,'color','b');
set(ax(1),'YLim',[0 7],'ycolor','r')
set(ax(1),'YTick',0:1:7)
set(ax(2),'YLim',[0 112],'ycolor','b')
set(ax(2),'YTick',0:16:112)
%xlabel('Days since January 1, 1990');
n=squeeze(ncread(filename,'uvic_eco_ph2'));
n1=squeeze(mean(n(end-avgdep-1:end,xlen),1))*14/8.75;
axes(ax(1));
hold on;
hh=plot(x,n1,'--','color','r');
set(hh,'linewidth',2);
%set(gca,'xtick',1:365:length(n1),'xlim',[1 length(n1)]);
datetick('x','mmmyy');
n=squeeze(ncread(filename,'uvic_eco_zo2'));
n2=squeeze(mean(n(end-avgdep-1:end,xlen),1))*106/16*12;
axes(ax(2));
hold on;
hh=plot(x,n2,'--','color','b');
set(hh,'linewidth',2);
%set(gca,'xtick',1:365:length(n1),'xlim',[1 length(n1)]);
%set(ax(1),'xtick',1:365:length(n1),'xlim',[1 length(n1)]);
%set(ax(2),'xtick',1:365:length(n1),'xlim',[1 length(n1)]);
datetick('x','mmmyy');
grid on;
title('(b)');
%legend('Flagellates','Diatoms','Microzooplankton','Mesozooplankton','orientation','horizontal');

subplot(4,1,3);
n=squeeze(ncread(filename,'uvic_dms_dms'));
[ax, h]=contour(x,-dep:-1,n(1:dep,xlen));
set(h,'linewidth',2);
colorbar('location','west');
ylim([-50 -1]);
title('(c)');
%xlabel('Days since January 1, 1990');
datetick('x','mmmyy');
ylabel('Depth (m)');
%set(gca,'xtick',1:365:length(n1),'xlim',[1 length(n1)]);
grid on;

subplot(4,1,4);
n=squeeze(ncread(filename,'uvic_dms_dmspd'));
[ax, h]=contour(x,-dep:-1,n(1:dep,xlen));
set(h,'linewidth',2);
colorbar('location','west');
ylim([-50 -1]);
title('(d)');
%xlabel('Days since January 1, 1990');
datetick('x','mmmyy');
ylabel('Depth (m)');
%set(gca,'xtick',1:365:length(n1),'xlim',[1 length(n1)]);
grid on;

家賃値上げ

帰宅するとドアのノブのうえに封筒が。光熱費の請求かと思いきやいつもより分厚い。

開けてみると賃貸契約の更新＆九月からの家賃値上げのお知らせだった。

今までは月々$850。これが九月からは$18.70値上がりの$868.70になるとのこと。

こんなん勝手に値上げできるんかと思って調べてみたら州の法律に従っての値上げのようで２０１４年度の上限は2.2%。詳細→http://www.rto.gov.bc.ca/content/news/default.aspx

$850の2.2%は$18.70…

今の家賃での契約は８月までなので９月からの家を探してみるのもいいかもな。

Initial conditions and model behaviour

Initial conditions have effect on the following structure of interannual cycle. For example, the result seems good if I set really high initial zo1 and zo2 values (here, 60 mg-C/m3 for January 1st):

But I am not sure why the initial values drop down so quickly after January 1 until the first bloom. If it remains constant from January 1st, it's more reasonable...

Perhaps setting a background value might solve the problem.

photoinhibition

PI curve with and without photoinhibition

Canadian PR

Conclusion

The only way I can apply for PR through PNP at the moment is to wait till complete PhD and then apply through "International Post Graduate"
http://www.welcomebc.ca/Immigrate/About-the-BC-PNP/Skills-Immigration/International-Post-Graduates.aspx

Tested to see if I'm eligible

On the CIC website, there is a questionnaire you can do to determine whether you are eligible for FSW program. Unfortunately the result indicated that I am not eligible:

This is kind of expected as during the questionnaire, there were questions that I could not say "Yes" where Yes seems to be required. 

For example:

• Although part-time work experience can be counted, it will not be counted if you work part-time during your full-time study based on this:

• Also, I need to complete at least 2 years of PhD to promote myself as a potential PhD holder according to this:

And finally, the list below gives how much $$$ you need to show. Note that you do not need to show it if you have a valid offer of arranged payment (funding, employment, etc.):

segfault issues solved.

Segmentation fault error

When execute "gotm" and get the following error below, "make distclean" followed by "make" in "GOTM/gotm-git/src" will fix the problem. Not sure why though...





    init_gotm_fabm
 Initializing biogeochemical model "uvic_eco"...
*** glibc detected *** gotm: free(): invalid next size (normal): 0x0000000002139fb0 ***
======= Backtrace: =========
/lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6(+0x7eb96)[0x7f682983db96]
gotm[0x73ea5b]
gotm[0x414a81]
gotm[0x405866]
gotm[0x403b61]
gotm[0x4035ad]
/lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6(__libc_start_main+0xed)[0x7f68297e076d]
gotm[0x4035dd]
======= Memory map: ========
00400000-008bd000 r-xp 00000000 08:02 13501193                           /HOME/hakase/GOTM/gotm-git/bin/gotm_prod_GFORTRAN
00abc000-00abd000 r--p 004bc000 08:02 13501193                           /HOME/hakase/GOTM/gotm-git/bin/gotm_prod_GFORTRAN
00abd000-00acf000 rw-p 004bd000 08:02 13501193                           /HOME/hakase/GOTM/gotm-git/bin/gotm_prod_GFORTRAN
00acf000-00b5c000 rw-p 00000000 00:00 0
02107000-02143000 rw-p 00000000 00:00 0                                  [heap]
7f682936d000-7f6829382000 r-xp 00000000 08:02 10092768                   /lib/x86_64-linux-gnu/libgcc_s.so.1
7f6829382000-7f6829581000 ---p 00015000 08:02 10092768                   /lib/x86_64-linux-gnu/libgcc_s.so.1
7f6829581000-7f6829582000 r--p 00014000 08:02 10092768                   /lib/x86_64-linux-gnu/libgcc_s.so.1
7f6829582000-7f6829583000 rw-p 00015000 08:02 10092768                   /lib/x86_64-linux-gnu/libgcc_s.so.1
7f6829583000-7f68295be000 r-xp 00000000 08:02 4590874                    /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libquadmath.so.0.0.0
7f68295be000-7f68297bd000 ---p 0003b000 08:02 4590874                    /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libquadmath.so.0.0.0
7f68297bd000-7f68297be000 r--p 0003a000 08:02 4590874                    /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libquadmath.so.0.0.0
7f68297be000-7f68297bf000 rw-p 0003b000 08:02 4590874                    /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libquadmath.so.0.0.0
7f68297bf000-7f6829974000 r-xp 00000000 08:02 10092621                   /lib/x86_64-linux-gnu/libc-2.15.so
7f6829974000-7f6829b74000 ---p 001b5000 08:02 10092621                   /lib/x86_64-linux-gnu/libc-2.15.so
7f6829b74000-7f6829b78000 r--p 001b5000 08:02 10092621                   /lib/x86_64-linux-gnu/libc-2.15.so
7f6829b78000-7f6829b7a000 rw-p 001b9000 08:02 10092621                   /lib/x86_64-linux-gnu/libc-2.15.so
7f6829b7a000-7f6829b7f000 rw-p 00000000 00:00 0
7f6829b7f000-7f6829c7a000 r-xp 00000000 08:02 10092632                   /lib/x86_64-linux-gnu/libm-2.15.so
7f6829c7a000-7f6829e79000 ---p 000fb000 08:02 10092632                   /lib/x86_64-linux-gnu/libm-2.15.so
7f6829e79000-7f6829e7a000 r--p 000fa000 08:02 10092632                   /lib/x86_64-linux-gnu/libm-2.15.so
7f6829e7a000-7f6829e7b000 rw-p 000fb000 08:02 10092632                   /lib/x86_64-linux-gnu/libm-2.15.so
7f6829e7b000-7f6829f90000 r-xp 00000000 08:02 4591034                    /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libgfortran.so.3.0.0
7f6829f90000-7f682a190000 ---p 00115000 08:02 4591034                    /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libgfortran.so.3.0.0
7f682a190000-7f682a191000 r--p 00115000 08:02 4591034                    /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libgfortran.so.3.0.0
7f682a191000-7f682a193000 rw-p 00116000 08:02 4591034                    /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libgfortran.so.3.0.0
7f682a193000-7f682a1b5000 r-xp 00000000 08:02 10092633                   /lib/x86_64-linux-gnu/ld-2.15.so
7f682a305000-7f682a38a000 rw-p 00000000 00:00 0
7f682a3b2000-7f682a3b5000 rw-p 00000000 00:00 0
7f682a3b5000-7f682a3b6000 r--p 00022000 08:02 10092633                   /lib/x86_64-linux-gnu/ld-2.15.so
7f682a3b6000-7f682a3b8000 rw-p 00023000 08:02 10092633                   /lib/x86_64-linux-gnu/ld-2.15.so
7fff0954d000-7fff0956e000 rw-p 00000000 00:00 0                          [stack]
7fff095d9000-7fff095db000 r-xp 00000000 00:00 0                          [vdso]
ffffffffff600000-ffffffffff601000 r-xp 00000000 00:00 0                  [vsyscall]

Program received signal SIGABRT: Process abort signal.

Backtrace for this error:
#0  0x7F6829E94547
#1  0x7F6829E94B4E
#2  0x7F68297F549F
#3  0x7F68297F5425
#4  0x7F68297F8B8A
#5  0x7F682983339D
#6  0x7F682983DB95
#7  0x73EA5A in __fabm_MOD_fabm_create_model_from_file
#8  0x414A80 in __gotm_fabm_MOD_init_gotm_fabm
#9  0x405865 in __gotm_MOD_init_gotm
#10  0x403B60 in MAIN__ at main.F90:0
Aborted (core dumped)

notes on resolute test case

Using uvic_ice branch to have the coupled sea ice-pelagic physical model in resolute testcase:

After "git pull" the branch, make sure to "git merge master" to update uvic_ice with the lastest GOTM-FABM framework.

Compile.

In resolute directory, "make" should produce errors.

First, create a file "uvic_ice.nml" which has the following three lines:

&uvic_ice
 nlayers=1
/

Second, modify the value of "sst_method" in "airsea.nml":

sst_method = 0

Activation of sea ice model is done in "ice.nml".

Coupling with uvic_eco and uvic_dms:

Works after increasing the temporal resolution (from 3600 s to 600 s).

fortranの仕組みがよくわからん…

DMS fluxをいろんなmethodを使って計算できるようにfabm.nmlに新しいパラメータ「flux」を取り入れた。

他のパラメータ同様それをモデルの中で読み込みfluxの数値によってmethodを変えられるようにする仕組みのはずが…

下記の図によるとflux=0,1,2のときDMS fluxのシミュレーション結果がそれぞれ異なることがわかる。

０と１の場合はそれぞれモデルに

if (flux.eq.0) then
...
else if (flux.eq.1) then
...
end

と記したので思っていたとおりの結果。

しかし、２の場合はデフォルト値（０に設定したはず）と同じ結果を期待したんだが同じではない。２の場合の条件は何も書いていないのでなぜ０でも１でもない結果（しかもちゃんとDMS fluxを計算した結果）が出力されたのかがわからん…。

とりあえず解決策として０、１以外数値を選んだ場合はDMS fluxは０になるようにした。

Okularかな〜と思ったけど…

zoteroを研究室のパソコンにインストールしてもらった。

そこで見えてきた次の課題：

統一したpdfビューアのはずであったadobe readerがubuntuではバージョン９までしか現時点ではない。これで困ることがハイライトやメモをとる機能がついてくるのはバージョン１０（もしくは１１）以降らしく従って研究室のパソコンで文献にメモすることができんということになる。それじゃzoteroをmacとubuntuに入れた意味がないじゃないかということになってしまう。

adobeのウェブサイトを見てみたらlinux用のreaderが最後にアップデートされたのは二年前。もうアップデートされないのかな？

なので、他のpdfビューアをまた探してみたら

Okular（http://okular.kde.org/download.php）

というKDE系のソフトが全てのOSで使えるらしい。もちろんハイライトもメモ書きもできる。これはubuntuには最初から入っているのでmac側にインストールすれば問題解決。

調べてみるとmacportsを使ってKDEをインストールできるということだったので早速インストール：

っとその前に以下のコマンドでmacportsをアップデート：
sudo port selfupdate

そして以下のコマンドでokularをインストール：
sudo port install okular

…okularが必要としているソフトなどを自動的にインストールしてくれている…

のはいいんだけどかなり大量のデータをパソコンに取り込んでいるようで128GBしかないmacbook airのスペースがほぼなくなっているというメッセージが表示された。。

そして３０分ぐらいしただろうか、ようやくokularのインストール完了。早速app>>macports>>okularを起動してみたが予期せぬエラーが起きokular開かず…。

なんどか試したが同じこと。

たぶん、

1. 上記コマンドでは必要なファイルがすべてインストールされない。
2. 空き容量不足で必要なファイルがすべてインストールされなかった。

のいずれかではないかと思う。

とにかくokularはKDE環境を必要とするのでmacに取り込むには容量がそれなりに必要であるため自分のmacbook airには不向きかと。

従ってsudo port uninstall okularで削除することにして今後とりあえずはadobe readerで様子を見る。linux版が更新されますように。