いや、最終確認というよりきちんとモデルの中（コード）のパラメーターを確認するのは初めてかもしれない。
確認してわかったことは、PISCESは改良されつづけているようだが改良の変更点を明確にしたマニュアルが現時点では残念ながらないようだ。僕はAumontが２００６年に出した論文の補足資料としてウェブ上にあるマニュアル（
ftp://ftp.agu.org/apend/gb/2005gb002591/）を参考に論文を書いていただけに残念だ。これ以後PISCES式やパラメーターは微調整されていろんなエンドユーザーに使われているんだがモデルを紹介するときはみな上記論文を引用している。これじゃblack boxを使っているのと同じじゃないか…。
っということで上記論文からNEMO3.4.1版まででの相違点・変更をパラメーターを周辺にまとめてみることに。
&nampisbio ! biological parameters
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nrdttrc = 1 ! time step frequency for biology
wsbio = 2. ! POC sinking speed
xkmort = 2.E-7 ! half saturation constant for mortality
ferat3 = 10.E-6 ! Fe/C in zooplankton
wsbio2 = 30. ! Big particles sinking speed
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&nampislim ! parameters for nutrient limitations
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conc0 = 1.E-6 ! Phosphate half saturation
conc1 = 8.E-6 ! Phosphate half saturation for diatoms
conc2 = 1.E-9 ! Iron half saturation for phyto
conc2m = 3.E-9 ! Max iron half saturation for phyto
conc3 = 3.E-9 ! Iron half saturation for diatoms
conc3m = 8.E-9 ! Maxi iron half saturation for diatoms
xsizedia = 1.E-6 ! Minimum size criteria for diatoms
xsizephy = 1.E-6 ! Minimum size criteria for phyto
concnnh4 = 1.E-7 ! NH4 half saturation for phyto
concdnh4 = 8.E-7 ! NH4 half saturation for diatoms
xksi1 = 2.E-6 ! half saturation constant for Si uptake
xksi2 = 333.E-8 ! half saturation constant for Si/C
xkdoc = 417.E-6 ! half-saturation constant of DOC remineralization
concfebac = 1.E-11 ! Half-saturation for Fe limitation of Bacteria
qnfelim = 7.E-6 ! Optimal quota of phyto
qdfelim = 7.E-6 ! Optimal quota of diatoms
caco3r = 16.E-2 ! mean rain ratio
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&nampisprod ! parameters for phytoplankton growth
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pislope = 2. ! P-I slope
pislope2 = 2. ! P-I slope for diatoms
excret = 5.E-2 ! excretion ratio of phytoplankton
excret2 = 5.E-2 ! excretion ratio of diatoms
ln_newprod = .true. ! Enable new parame. of production (T/F)
bresp = 333.E-5 ! Basal respiration rate
chlcnm = 33.E-3 ! Minimum Chl/C in nanophytoplankton
chlcdm = 5.E-2 ! Minimum Chl/C in diatoms
chlcmin = 33.E-4 ! Maximum Chl/c in phytoplankton
！後のミニマムとマキシマム逆。
fecnm = 40.E-6 ! Maximum Fe/C in nanophytoplankton
fecdm = 40.E-6 ! Minimum Fe/C in diatoms
grosip = 151.E-3 ! mean Si/C ratio
これはマニュアルでは0.14の定数として記されている。
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&nampismort ! parameters for phytoplankton sinks
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wchl = 1.E-3 ! quadratic mortality of phytoplankton
wchld = 2.E-2 ! maximum quadratic mortality of diatoms
mprat = 1.E-2 ! phytoplankton mortality rate
mprat2 = 1.E-2 ! Diatoms mortality rate
mpratm = 1.E-2 ! Phytoplankton minimum mortality rate
こいつは使われていないのになぜか存在する。
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&nampismes ! parameters for mesozooplankton
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part2 = 75.E-2 ! part of calcite not dissolved in mesozoo guts
grazrat2 = 7.E-1 ! maximal mesozoo grazing rate
resrat2 = 5.E-3 ! exsudation rate of mesozooplankton
mzrat2 = 3.E-2 ! mesozooplankton mortality rate
xprefc = 1. ! zoo preference for phyto
xprefp = 3.E-1 ! zoo preference for POC
xprefz = 1. ! zoo preference for zoo
xprefpoc = 3.E-1 ! zoo preference for poc
このへんのインデックス要注意。今まで「2」はmesozooplanktonを表すために使われていたのにこれらのパラメーターのときだけ逆になっとる（この場合xpref2cはmicrozooplanktonに関連している）。
xthresh2zoo = 1.E-8 ! zoo feeding threshold for mesozooplankton
xthresh2dia = 1.E-8 ! diatoms feeding threshold for mesozooplankton
xthresh2phy = 1.E-8 ! nanophyto feeding threshold for mesozooplankton
xthresh2poc = 1.E-8 ! poc feeding threshold for mesozooplankton
xthresh2 = 2.E-7 ! Food threshold for grazing
xkgraz2 = 20.E-6 ! half sturation constant for meso grazing
epsher2 = 3.E-1 ! Efficicency of Mesozoo growth
sigma2 = 6.E-1 ! Fraction of mesozoo excretion as DOM
unass2 = 3.E-1 ! non assimilated fraction of P by mesozoo
grazflux = 2.E3 ! flux-feeding rate
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&nampiszoo ! parameters for microzooplankton
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part = 5.E-1 ! part of calcite not dissolved in microzoo gutsa
grazrat = 3.0 ! maximal zoo grazing rate
resrat = 3.E-2 ! exsudation rate of zooplankton
mzrat = 1.E-3 ! zooplankton mortality rate
捕食されるのはmesozooplanktonのみとマニュアルには書いてあったのにコードではこれも計算されてるっぽい…。そして変動はzooplankton量に対しsquare dependencyのはずなのにコードを見る限りでは二乗されてないと思うんだが。。。
xpref2c = 1.E-1 ! Microzoo preference for POM
xpref2p = 1. ! Microzoo preference for Nanophyto
xpref2d = 5.E-1 ! Microzoo preference for Diatoms
xthreshdia = 1.E-8 ! Diatoms feeding threshold for microzooplankton
xthreshphy = 1.E-8 ! Nanophyto feeding threshold for microzooplankton
xthreshpoc = 1.E-8 ! POC feeding threshold for microzooplankton
xthresh = 2.E-7 ! Food threshold for feeding
xkgraz = 20.E-6 ! half sturation constant for grazing
epsher = 3.E-1 ! Efficiency of microzoo growth
sigma1 = 6.E-1 ! Fraction of microzoo excretion as DOM
unass = 3.E-1 ! non assimilated fraction of phyto by zoo
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&nampisrem ! parameters for remineralization
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xremik = 25.E-2 ! remineralization rate of DOC
xremip = 25.E-3 ! remineralisation rate of POC
これと一致するパラメータはマニュアルの式では記述されてない。
nitrif = 5.E-2 ! NH4 nitrification rate
xsirem = 3.E-3 ! remineralization rate of Si
xsiremlab = 25.E-3 ! fast remineralization rate of Si
xsilab = 31.E-2 ! Fraction of labile biogenic silica
xlam1 = 5.E-3 ! scavenging rate of Iron
oxymin = 1.E-6 ! Half-saturation constant for anoxia
ligand = 6.E-10 ! Ligands concentration
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&nampiscal ! parameters for Calcite chemistry
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kdca = 6. ! calcite dissolution rate constant (1/time)
nca = 1. ! order of dissolution reaction (dimensionless)
