今日やったこと

昨日HomeBrewでインストールしたはずのPyQtとPySideが使えなかった（pythonでimport PyQt4またはimport PySideとしたがエラー）ので代わりにこのサイトを参考にしてsudo port install py27-pyqt4でインストール完了。恐らく昨日インストールしたのは自分のpythonのバージョンと違うものだったので使えなかったのではないかと思う。

で、インストールできたけどこれまたダメ…このサイトでも述べられているように同じように苦しんでいる人もいるようだ。とりあえず今のところはpyncview.pyを使うのはあきらめることに。。。

FABM update: Depthは使えるがsurface_temperatureは使えなかったのでフォーラムに投稿完了。

続いてtkdiffというツールをHomeBrewを使ってインストール(→ターミナルでbrew install tkdiff

FABMモデルデベロプメントのためのプログラミングメモ

gitの基礎知識を「サルでもわかるgit入門」で勉強。

bin (binaryの略)フォルダをホームディレクトリに設置したがバイナリファイルを実行できなかったので原因を調べるとこのブログを参考にして.profileファイルに$HOME/binの$PATHを追加。

HomeBrewというMacPorts同様ソフトウェアやパーツのダウンロード・インストールを自動でやってくれる便利なツールをインストール。

上記のツールを使ってPyQtとPySideをインストールなう。参考にしたのはこのサイト。

明日からはfabm_input.nmlの作成を行っていく。

FABMについてもっと習った

How to initialize & restore with measurements:
http://sourceforge.net/apps/mediawiki/fabm/index.php?title=Setting_up_a_simulation#Prescribing_biogeochemical_variables

"~/.profile" to export variables on log-in. <-- do this instead of creating "doit" executable in "src" directory.

Avoid having gotm-cases inside gotm-git.

Try to minimize editing the preexisting files to avoid conflicts.

"make distclean" to clean completely.

Add "pushurl" in ".git/config" to customize your git repository.

"git remote add model1 git://PATH2REPOSITORY" to add "model1" in your local.

git status

git pull --> update from remote to branch

git log

git remote --> list of added repositories in remote

git branch --> list of added repositories in local (branch)

git fetch

git checkout master --> switch the branch to "master"

git add --> add updates to branch

git commit --> update branch

git push --> update from branch to remote

The definitions of repository, branch, master, and origin are ambiguous here (currently learning...).

「gitについて習わんとな」の巻

gitはモデルを簡単にアップデートしてくれるので便利なツールだがカスタマイズされたサーバー上とは異なる内容の同一ファイルの管理方法がよくわからん。例えばさっきFABMモデルをアップデートしてみると：

$ git pull
remote: Counting objects: 702, done.
remote: Compressing objects: 100% (516/516), done.
remote: Total 589 (delta 421), reused 102 (delta 67)
Receiving objects: 100% (589/589), 202.05 KiB | 0 bytes/s, done.
Resolving deltas: 100% (421/421), completed with 83 local objects.
From git://fabm.git.sourceforge.net/gitroot/fabm/fabm
   75702b8..aa096ca  master     -> origin/master
Updating 75702b8..aa096ca
error: Your local changes to the following files would be overwritten by merge:
compilers/compiler.GFORTRAN
src/fabm_library.F90
src/models/Makefile
src/models/gotm/npzd/npzd.F90
Please, commit your changes or stash them before you can merge.
Aborting

こうなっていくつかのファイルがアップデートできなかったとなる。

GOTMは大丈夫だった。ほとんど何もいじってないから妥当か：

$ git pull

remote: Counting objects: 229, done.

remote: Compressing objects: 100% (182/182), done.

remote: Total 182 (delta 133), reused 0 (delta 0)

Receiving objects: 100% (182/182), 30.97 KiB | 0 bytes/s, done.

Resolving deltas: 100% (133/133), completed with 32 local objects.

From git://git.code.sf.net/p/gotm/code

   02338d5..744d4d8  master     -> origin/master

   7527471..ea5f858  ice        -> origin/ice

Updating 02338d5..744d4d8

Fast-forward

 doc/gotm_pub.bib                | 145 +++++++++++++++++++++-

 src/Rules.make                  |   4 -

 src/airsea/airsea.F90           |   4 +-

 src/airsea/airsea_variables.F90 |   3 +-

 src/extras/bio/bio.F90          |  29 ++++-

 src/fabm/gotm_fabm.F90          | 266 ++++++++++++++++++++++++++--------------

 src/fabm/gotm_fabm_output.F90   | 103 ++++++++++++----

 src/gotm/gotm.F90               |  42 +++++--

 src/meanflow/meanflow.F90       |   4 +-

 src/output/ncdfout.F90          |  18 ++-

 src/output/output.F90           |  40 +++---

 11 files changed, 487 insertions(+), 171 deletions(-)

→今週の課題はgitを理解すること。少なくともモデル開発の支障がない範囲の理解ができればいい。

How to autostart Dropbox on Ubuntu

I downloaded Dropbox on Ubuntu following these steps on the Dropbox website.

Unfortunately, there is no option to autostart Dropbox for the version I downloaded (usually, you can set this in "Preferences" but there is no such check box..).

Fortunately, you can set this manually using Ubuntu's "Startup Applications", as follows:

Dash home --> Startup Applications --> Add --> Then enter the information below:

Name: Dropbox
Command: ~/.dropbox-dist/dropboxd
Comment: Autostart Dropbox Application

***Note: "Name" and "Comment" can be anything.

--> Save --> Close

That's it. Log-out or restart your computer to see if Dropbox starts up automatically.

Reference: http://askubuntu.com/questions/315034/start-dropbox-on-startup