PISCESモデルでシミュレートできる61種類の生態系Variables

今日はPISCESモデルでoutputとして扱える生態系変数？（Oceanographic Variable）を調べてみました。

PISCESは全部で６１種類もの変数を数値シミュレーションすることができます。この全てのシミュレーション結果を手に入れることは可能ですが大量のデータになるので効率が悪く実用的ではありません。NEMOシステムでは「iodef.xml」というファイルを編集して自分の欲しい変数とそれらのデータの頻度（Frequency）を自分で選びます。例えば、珪藻（diatoms）の月平均（Monthly mean）のデータが欲しいときはそれらの情報をiodef.xmlで定義（define）します。定義の仕方はNEMO3.4のマニュアルのセクション11.2「Standard Model Output (IOM)」を読んでiodef.xmlを見てみればわかります。

ここではPISCESで扱える変数を以下の表にまとめました。これらは全てiodef.xmlに載ってますがコード表記では見にくいので…。

まずはPISCESモデルの基盤である２４種類の変数です。この中から自分が必要とするoutputデータを選択できます。選択した変数は「ptrc_T」という名前を含んだファイルに追加されます。

ID	Description	Unit
DIC	dissolved inorganic carbon	mmol/m3
Alkalini	Total alkalinity	mmol/m3
O2	oxygen	mmol/m3
CaCO3	calcite	mmol/m3
PO4	phosphate	mmol/m3
POC	small organic carbon	mmol/m3
Si	silicate	mmol/m3
PHY	nanophytoplankton	mmol/m3
ZOO	microzooplankton	mmol/m3
DOC	dissolved organic carbon	mmol/m3
PHY2	diatoms	mmol/m3
ZOO2	mesozooplankton	mmol/m3
DSi	diatoms silicate	mmol/m3
Fer	dissolved iron	mmol/m3
BFe	big iron particles	mmol/m3
GOC	big organic carbon	mmol/m3
SFe	small iron particles	mmol/m3
DFe	diatoms iron	mmol/m3
GSi	sinking biogenic silicate	mmol/m3
NFe	nano iron	mmol/m3
NCHL	nano chlorophyll	mg/m3
DCHL	diatoms chlorophyll	mg/m3
NO3	nitrate	mmol/m3
NH4	ammonium	mmol/m3

この他に、３７種類の変数を求めることもできます。選択した変数は「diad_T」という名前を含んだファイルに追加されます。

ID	Description	Unit
PH	PH	-
CO3	bicarbonates	mol/m3
CO3sat	CO3 saturation	mol/m3
PAR	photosynthetically available radiation	W/m2
PPPHY	primary production of nanophytoplankton	mol/m3/s
PPPHY2	primary production of diatoms	mol/m3/s
PPNEWN	new primary production of nanophytoplankton	mol/m3/s
PPNEWD	new primary production of diatoms	mol/m3/s
PBSi	primary production of diatoms silicate	mol/m3/s
PFeN	primary production of nanophytoplankton iron	mol/m3/s
PFeD	primary production of diatoms iron	mol/m3/s
PCAL	calcite production	mol/m3/s
DCAL	calcite dissolution	mol/m3/s
GRAZ	grazing by zooplankton	mol/m3/s
Mumax	maximum growth rate	s-1
MuN	realized growth rate for nanophytoplankton	s-1
MuD	realized growth rate for diatoms	s-1
MuNlight	light limited growth rate for nanophytoplankton	s-1
MuDlight	light limited growth rate for diatoms	s-1
LNnut	nutrient limitation term in nanophytoplankton	-
LDnut	nutrient limitation term in diatoms	-
LNFe	iron limitation term in nanophytoplankton	-
LDFe	iron limitation term in diatoms	-
LNlight	light limitation term in nanophytoplankton	-
LDlight	light limitation term in diatoms	-
Nfix	nitrogen fixation at surface	mol/m2/s
EPC100	export of carbon particles at 100m	mol/m2/s
EPFE100	export of biogenic iron at 100m	mol/m2/s
EPSI100	export of silicate at 100m	mol/m2/s
EPCAL100	export of calcite at 100m	mol/m2/s
Cflx	DIC flux	mol/m2/s
Oflx	oxygen flux	mol/m2/s
Kg	gas transfer	mol/m2/s/uatm
Dpco2	delta CO2	uatm
Dpo2	delta O2	uatm
Heup	euphotic layer depth	m
Irondep	iron deposition	mol/m2/s

参考文献
NEMO3.4マニュアル(Section 11.2)