sensitivity analysis (再)

sensitivityanalysis.shをまた使うときが来た。よかった〜スクリプト作っといて。でも使ってみてちょこちょこtypoがあったのでまたここに載せておくことに…

sensitivityanalysis.sh（最新版）

# Sensitivity Analysis of PISCES model parameters

# INSTRUCTIONS
#
# The value before the exponent (E) in namelist_pisces for all PISCES parameters has to be an integer. If it involves a number after the decimal place, you have to rewrite it using E. This is to avoid floating precision errors involved in Bash.
# For Example, If a1 = 0.034E-5, rewrite it as a1 = 34.E-7. If a2 = 99.9, rewrite it as a2 = 999.E-1. etc...
#
#END of INSTRUCTIONS

# Start of Input. Modify below #

# set of names of parameters to analyze.
set_parnam="wsbio xkmort ferat3 wsbio2 conc0 conc1 conc2 conc2m conc3 conc3m xsizedia xsizephy concnnh4 concdnh4 xksi1 xksi2 xkdoc concfebac qnfelim qdfelim caco3r pislope pislope2 excret excret2 bresp chlcnm chlcdm chlcmin fecnm fecdm grosip wchl wchld mprat mprat2 mpratm part2 grazrat2 resrat2 mzrat2 xprefc xprefp xprefz xprefpoc xthresh2zoo xthresh2dia xthresh2phy xthresh2poc xthresh2 xkgraz2 epsher2 sigma2 unass2 grazflux part grazrat resrat mzrat xpref2c xpref2p xpref2d xthreshdia xthreshphy xthreshpoc xthresh xkgraz epsher sigma1 unass xremik xremip nitrif xsirem xsiremlab xsilab xlam1 oxymin ligand kdca nca"

# set of the corresponding values to the above set (excluding exponents (E) if there are any).
set_stdval="2. 2. 10. 30. 1. 8. 1. 3. 3. 8. 1. 1. 1. 8. 2. 333. 417. 1. 7. 7. 16. 2. 2. 5. 5. 333. 33. 5. 33. 40. 40. 151. 1. 2. 1. 1. 1. 75. 7. 5. 3. 1. 3. 1. 3. 1. 1. 1. 1. 2. 20. 3. 6. 3. 2. 5. 3. 3. 1. 1. 1. 5. 1. 1. 1. 2. 20. 3. 6. 3. 25. 25. 5. 3. 25. 31. 5. 1. 6. 6. 1."

# End of Input. Do NOT modify below #

parnam=($set_parnam)
stdval=($set_stdval)
count=${#parnam[@]}
floats=1 # Number of float precision
for it in `seq 1 $count`
do
 para=0
 echo $para >> SA_stat.txt
 grep "${parnam[$it-1]} " namelist_pisces >> SA_stat.txt
 for newnum in $(seq `echo "scale=${floats};${stdval[$it-1]}/2" | bc` `echo "scale=${floats};${stdval[$it-1]}/10" | bc` `echo "scale=${floats};${stdval[$it-1]}/2+${stdval[$it-1]}" | bc`)
 do
  sed -i -r "s/${parnam[$it-1]}\s+=\s+[0-9]+\.*[0-9]*/${parnam[$it-1]}  =  ${newnum}/" namelist_pisces
  ./opa
  para=$((${para}+1))
  echo $para >> SA_stat.txt
  grep "${parnam[$it-1]} " namelist_pisces >> SA_stat.txt
  mv LABSEA_*_T.nc ../MY_SRC/SA/${parnam[$it-1]}${para}.nc
  rm LABSEA_*restart*.nc
 done
 echo "end of run for ${parnam[$it-1]}" >> SA_stat.txt
 sed -i -r "s/${parnam[$it-1]} += +[0-9]+\.*[0-9]*/${parnam[$it-1]}  =  ${stdval[$it-1]}/" namelist_pisces
done

これを

nohup ./sensitivityanalysis.sh > output.txt &

とすればよい。

1994年のデータを使って６月間だけやり直そうとしたら５分も経たずに終わった☆



以下は下書きのまま保存していたBioChemデータに関するメモ：

データをいじってるとだんだん量が増えてきて短期間でも使っていなかったデータの情報は忘れてしまうものです。なのでメモしておかなければ…。

BIOのBioChemを使ってモデルのvalidationを行うんですがmod_BioChem.csvには全期間のデータが含まれていてデータ分布が拡散しているのでもうちょっとフィルターをつけることに。新しくmod_BioChem.csvというのを作りました。こっちにはmod_BioChem.csvから５〜７月間のデータのみを抜き出してあります。毎年この時期にハリファックスからグリーンランドまでラブラドール海のAR7Wラインを横断する船（ハドソン号）が出ているのでこの時期のデータが一番多く収納されています。

ちなみに自分が今回リクエストしたデータは古いものは1962年からある。