文献メモはadobe readerで管理

zoteroをmacで使いはじめて数日。少しずつ使い方に慣れてきたような気がする。

と同時に気になることも。

大学の研究室のパソコンはlinuxなのでmacのpreviewというpdfビューアが入っていない。そしたら今後macとlinux両方で文献の管理をしようとするときに支障が生じてくる。

なのでpdfビューアも統一せんといかんと思い、adobe readerを使うことにした。無料版だと制限があるのかなと思っていてあまり使っていなかったのだがハイライトもできるしコメントも添付することができる。これだけあれば充分。

今後pdfファイルへのメモはadobe readerでとってlinux、mac両方で閲覧できるようにすることにする。

problem solved.

follow up on yesterday's post.

the problem solved. there was a bug in eco.F90.

Light limitation was not parameterized properly and thus produced the value of 1 at all times (lf = 1, so no light limitation).

Here is the initial look:

Testing with Station Papa

initial condition problem

i assigned too high initial values for ph1 and ph2 which led to population crash for both variables.

closure term has effect on stablizing the ecosystem for runs with initial conditions that are constant throughout the water column (i.e. surface values). or either over- or underestimated initial profiles below surface layer. In particular, 0.003 does not work. >0.03 works.

I decided to test which of the initial profiles are causing the model to crash by adding one profile at a time for initalization (in fabm_input.nml):

no3: done
nh4: done
ph1: crashed on April 19!
ph2: done
psi: done
sil: done
det: done
zo1: crashed on April 5!
zo2: done

So the problem is with ph1 and zo1 profiles. I checked which one is the problem, by initializing with all profiles except ph1 and zo1 separately, and it turns out that the model runs successfully if I comment zo1 profile. The model crashes on April 12 if the zoprof.dat is used for zo1.

So the problem is with zo1.

since zo1 and zo2 use the same profile (zoprof.dat), it might not be the problem of profile data, but the model itself. So I checked the code.

I couldn't find any problems in the code.

I found meteo_file.dat for OSP in GOTM_13_08_02 and used it for surface forcing then the model did not crash! However, I found that temperature was not restored and producing unrealistic annual cycle. So I restored with 24 hr with data. Then the model crashes on April 15... does this mean the crash is somehow related to temperature?

and if I comment only the zo1 initial profile, the model runs fine with T restoring.

I probably need to restore NO3 too.

車借りて買い物

本日日曜日はバンクーバー・ビクトリア両都市でそれぞれ十キロマラソンが開催されたみたい。知り合いが何人か出てたらしい。来年は参加してみようかな。

夏に備えバルコニー用のイス・テーブルを揃えたかったのでカーシェアを利用して買い物をすることに。Xs CargoとWalmartへ行くことにして買い物リストを作って計画を立てたら１時間半で済みそうだったので１０時から１１時半まで予約。

今回借りた車はマツダ社のMazda 5。６人乗りのミニバンというんだろうか。でも見た目はミニバンぽくない（以下写真）。

カーシェアは

• 規則に従って借りる時間と返す時間を事前に予約しておかないといけない
• 走行距離（キロメートル単位）でお金を取られる

結果、時間にきっちりになり計画通り行程を進めようと最善の努力をする。結果、うまくいく。そして無駄遣いしない結果、地球に優しくなれる☆

実際今日借りた料金は

• 使用料は二時間半で$7.50
• 走行距離は９キロで$2.25

計$9.75＋税となる。タクシーで片道walmartから家までと同じぐらいの料金でこれだけできるんだからお得だね。

あなたの街にもCarShareがあったら検討してみては？

文献管理ソフトを実際に使ってみての感想

昨日は色々ある文献管理ソフトの中で条件をつけて自分の求めているものに近いものをレビュー等をもとにリストアップしてみたが、今日は実際にダウンロードして使ってみての感想を書くことに。

注意：使ってみてと言っても第一印象のようなもので使いこなした結果の感想というわけではない。

JabRef

BibTeXベースということだったので一番始めに試してみようと思い、sourceforgeのウェブサイトからMacのアプリをダウンロード。でもなぜかアプリを開けなかった。以下参照：

JabRefのフォーラム内（http://sourceforge.net/p/jabref/bugs/1099/）でもmountain lionで開けなかった。とか「設定でセキュリティレベルを下げると開けた」とかあったけどとりあえずデフォルトで開けないのはあまりいいサインではない印象を受けたのでこのアプリは却下することにした。

Docear

続いて第二候補のDocear。mac用ソフトをダウンロードして早速使ってみたが印象はいろんな昨日があってごちゃごちゃして自分には使いにくかった。マインドマップ機能は他ソフトと違っていいなと思ったけど実際にpdfファイルを取り込んでいくうちに自分が求めてるものではないなと。

Zotero

最後にZoteroを試してこれが気に入った。インターフェースはiTunes-likeと呼ばれる通りiTunes風でDocearよりすっきりしていた。pdfを取り込んでメタデータをネットから取り寄せてそれぞれのファイルをタグ付けして項目別に論文をまとめられる。そしてそれらを項目別に見つけ出すことができる。BibTeXにも対応していたのでよし☆難点はストレージが300MBまでだったんだがこれはpdfファイルなどの添付ファイルをzotero専用クラウドで保存したい場合であって、作業するフォルダをDropboxにするように自分で設定すればクラウドで管理できる。ちなみに添付ファイル以外（メタデータ等）はzoteroアカウントで無制限で保存してくれるみたいなので例えばzoteroの入っていない他のパソコンで作業をしていて論文の情報を保存しておいて家に帰ってそれをデスクトップ版zoteroにあるpdfファイルとマッチアップさせることもできる。

っということでとりあえずはZoteroを使ってみようかな。

ferret day 2: Subplot

Plotting multiple figures:

yes? set data resolute.nc
yes? define viewport/xlimits=0,.5/ylimits=0,1 left
yes? define viewport/xlimits=.5,1/ylimits=0,1 right
yes? define viewport/xlimits=0,.5/ylimits=0,1 left
yes? set view left
yes? fill temp
yes? set view right
yes? fill salt

yes? frame/file=resolute.gif

T&S restored with NEMO output (?)

no restoring

References: 

• http://ferret.pmel.noaa.gov/Ferret/documentation/users-guide/commands-reference/DEFINE#_VPINDEXENTRY_1361

文献管理ソフト

博士論文をこれから書き始めるので文献管理ソフト（reference manager)を以下の条件で探すことにした：

1. 無料であること
2. どのOSからもアクセスできること
3. LaTeX（BibTeX）に適していること
4. 比較的新しいソフト

まずは片っ端から存在するソフトを調べてみた：

ウィキペディアの比較はこちら→http://en.wikipedia.org/wiki/Comparison_of_reference_management_software

ウィキペディアからは以下の情報を得た：

1. 各ソフトがいつ頃からスタートしたのか
2. 誰（どこの団体）が開発しているのか
3. 最後にアップデートされたのはいつか（この情報は更新されていない場合もあるということを考慮する）

悪い文献管理ソフトとは何か？→http://www.docear.org/2013/10/14/what-makes-a-bad-reference-manager/

上の記事を要約すると、文献管理ソフトを選ぶ上で以下の３つの項目をクリアしていないソフトは使用すべきではない：

1. 他ソフトへ移った場合、データの移行又は変換ができない（そのソフトに縛られた環境を作っているソフト）
2. クラウドへデータを強制的に保存させられるソフト
3. 他ソフトを使用している共著者とコミュニケーションすることが不可能なソフト

上記３つのポイントを全てクリアしているソフトはDocearとJabRef。最初の２つをクリアしているのはzotero。最初の二つをクリアしていないのはMendeley。注意：この記事はDocearのデベロッパーが書いたものなので偏見があるかもしれない。

これらのことを踏まえたうえで以下のソフトをメモする：

• Docear: 現在第一候補のソフト。マインドマップなどもある。
• Mendeley: 人気のあるソフト。ただし完全無料ではないよう。
• zotero: Mendeleyと同じく人気のあるソフト。こちらは完全無料。
• JabRef:  BibTeXユーザーに定評のあるソフト。
• Qiqqa: 比較的新しいソフトで良さげだったんだがウィンドウズでしか使えないみたい。

以上、まだどのソフトも使っていない段階で感じたこと。

SOLAS book chapter memo

the open access e-Book “Western Pacific Air-Sea Interaction Study (W-PASS)”

Ecological Study of Bacterial Populations Related to Biogenic
Gas Transformation in Marine Environments
Hamasaki et al. 2014
http://www.terrapub.co.jp/e-library/w-pass/pdf/w-pass_203.pdf

Mesocosm study demonstrates the coupling between bacterial activity and DMS emission during phytoplankton bloom.

Thoughts on nitrification by Archaea and Bacteria

My slides: http://web.uvic.ca/~hakase/docs/BGC_nitrification.pdf

Jargon:

• AOA: Ammonia-oxidizing archaea
• AOB: Ammonia-oxidizing bacteria
• amoA: ammonia monooxygenase

From Zehr and Kudela 2013(?):

• Check Hollibaugh et al. 2002 for nitrifiers in the Arctic water.

Comments:

Prior to 2004, bacteria was thought to perform nitrification. Now, we know that archaea does that too. Since Archaea is found throughout the water column, so does nitrification? But recent rate measurement still shows photoinhibition.

AOA is dominates the ammonia oxidation while AOB dominates the nitrite oxidation. So how do we model?

T-Test (T検定)

気候システム（EOS550）のクラスの課題で北極振動について勉強しているのだが昨日の発表で過去３０年のモデルvs観測のAOインデックスを比べたときに平均値＆標準偏差と一緒にヒストグラムを用いたら先生から「Tテスト」を使うように提案された。

統計の知識が乏しいのでTテストはよく知らなかったので自分のなかで役立ったことをここにまとめておく。

Yahoo知恵袋：t検定とは結局何を知るためのものですか？

オンラインT検定（英語）：t-Test for Independent or Correlated Samples

Youtube：T-Testとは何か？（英語）